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（1）可作为急性乙肝辅助诊断和预后指标，急性乙肝进入恢复期常随HBsAg 的消失而消失。如果急性乙肝发病后3-4 个月，HBeAg 由阳转阴，抗-HBe 出现，表示预后良好。起病3-6 个月，仍HBeAg（+），可能是急性肝炎转为慢性的最早证据。
（2）有助于判断乙肝患者或HBV 携带者的传染性强弱。HBeAg 存在于HBsAg 阳性者血清中，说明血液中有Dane 颗粒，多数HBV-DNA 阳性，三者消长基本呈平行关系。所以HBeAg（+）者具有很强的传染性。
（3）HBeAg阳性提示HBV 在体内复制。
（4）在出现原发性肝癌时，HBeAg检出率下降，而抗-HBe，AFP 增高。故在HBsAg（+）的肝硬化病人中，抗-HBe（+），AFP 增高，提示早期肝癌的可能；
（5）母婴传播中，孕妇分娩时HBeAg（+）可能扩大母婴之间的传播率。